一种方法是利用万方查重工具对原始论文进行查重，然后对修改后的论文再次进行查重，最后比对两次查重结果的重复率。另一种方法是使用不同的查重工具进行对比分析，比如与Turnitin等其他工具进行对比，以验证查重结果的准确性。此外，还可以手动对比原始论文和修改后论文的内容差异，从而得出重复率对比分析的结论。

在进行万方查重前后重复率对比分析时，还可以采用文本相似度算法进行定量分析，通过计算相似度指标来评估论文的重复程度。另外，可以结合引用文献的重复率进行综合分析，从不同角度全面评估论文的原创性和重复程度。同时，还可以关注论文中重复内容的具体部分，分析其原因并提出改进建议，以避免论文被认定为抄袭或自我抄袭。